La Junta Directiva es el órgano ejecutivo de la Cofradía. Está integrada por los siguientes miembros, con sus respectivas obligaciones, quienes desempeñan su función de forma gratuita:

• Padre Consiliario. En los primeros estatutos que realiza la Cofradía, se indica que el consiliario de la Cofradía sería el director de la congregación. Tras la desaparición de la Congregación y la consecuente modificación de estatutos, varía en parte la estructura de la Junta Directiva. A partir de entonces, el consiliario es nombrado por el obispo diocesano. Sus funciones están reguladas por los Estatutos. Se intentará  especialmente que el Consiliario sea miembro de la Compañía de Jesús, debido a la vinculación existente.

Sus funciones son:

• La animación espiritual de los miembros  de la Cofradía.
• Contribuir a que ésta mantenga siempre su naturaleza y finalidad eclesiales.
• Fomentar la participación en los planes pastorales diocesanos.
• Presidir todas las funciones litúrgicas y paralitúrgicas de la Cofradía.
• Bendecir el hábito y medalla e imponerlas a los nuevos cofrades.

• Hermano Decano. Al decano le corresponden la presidencia, con voto de calidad en su caso, de las reuniones de la Junta Directiva y de los Capítulos de la Junta General y ostenta la representación puramente formal de la Cofradía en cuantos actos intervenga en nombre de ésta, sin perjuicio de las delegaciones o apoderamientos concretos que, como a cualquier otra persona, le puedan ser conferidos por la Junta Directiva.

En particular, sin perjuicio de lo establecido en el párrafo precedente, corresponden al Decano las siguientes funciones:

• Cuidar de que la Cofradía colabore con las otras asociaciones de fieles, donde sea conveniente, y de que preste de buen grado ayuda a las distintas obras cristianas.
• Procurar que los miembros de la Cofradía se formen debidamente para el ejercicio del apostolado propio de los laicos.

El Decano será auxiliado por el Vicedecano quien le sustituirá con iguales atribuciones cuando aquel no pueda, provisionalmente, desempeñar sus funciones.

• Hermano Vicedecano. Asiste provisionalmente al Decano cuando éste no pueda, con iguales atribuciones.

• Hermano Secretario. Tiene a su cargo las labores administrativas y certifica los acuerdos de los Capítulos Generales y las reuniones de Junta Directiva.

• Hermano Tesorero. Realiza los cobros y los pagos a que haya lugar, la redacción del presupuesto ordinario anual y la confección de los que puedan ser necesarios de carácter extraordinario.

• Hermano Vocal Delegado de Pasos. Vela por la conservación de los Pasos, encargándose de que se encuentren en condiciones de participar en cuantos actos hayan de concurrir, contando para ello con la asistencia de los Cabeceros de los Pasos.

• Hermano Vocal Intendente. Realiza y actualiza el inventario de todos los bienes pertenecientes a la Cofradía, atendiendo a la guarda y custodia de los mismos.

• Hermano Vocal Delegado de Banda. Realiza la supervisión y dirección de todas las cuestiones concernientes a la Banda o Sección de Instrumentos.

• Hermano Vocal Jefe de Cetros. Organiza y supervisa el correcto desarrollo de los desfiles procesionales y cuantos actos organice la Cofradía.

• Hermana Vocal de Camareras de la Virgen. Coordina y dirige a las componentes de esta Sección para el cumplimiento de sus obligaciones.

• Hermano Vocal de cofrades. Es el cauce constante de comunicación entre Cofrades y Junta Directiva, canalizando iniciativas y coordina las actividades que tiendan a extender el conocimiento de la Cofradía.

• Hermanos Vocales. Asumen las funciones que la Junta Directiva estime necesarias para el desenvolvimiento de la Cofradía y para el cumplimiento de sus fines.